La garantie d'assurance de Flywire s'élève à 10 millions de dollars (9 millions d'euros) et couvre les vols commis par les employés, la contrefaçon, les fraudes informatiques, fraudes de transferts de fonds, fraudes de cartes de crédit, fraudes du client, etc.
Les fonds transférés sont protégés par cette couverture d'assurance ; malgré tout, des enquêtes sont menées au cas par cas pour chaque fait.